Po nekim predanjima mjesto se vezuje za stare Ilire koji su egzistirali na ovim prostorima, na što nas upućuju stare nekropole iz toga, ali i Rimskog perioda ...

 U historijskim dokumentima Ustikolina se pominje kao važan subjekt Starog Rima, gdje se navodi da je Ustikolina bila poznata po kovnici novca, katedrali, mljekovodu, vodovodu i mostovima, što upućuje na zaključak da je tad Ustikolina imala kulturni, administrativni i politički značaj za cijeli region. Ostaci iz tog perioda postoje na više mjesta u dolini, a nije rijedak slučaj da mještani doline obrađujući svoja zemljišta nailaze na novac i druge materijalne dokaze iz tursko-osmanskog, ali i iz tog perioda.

U donjim Pauncima, naselju kod Ustikoline nalaze se i ostaci male ilirske nekropole koja nas vodi i u period starih Ilira.

 U periodu prije dolaska Turske u Ustikolini je potpisan veoma ,za to vrijeme, važan trgovinski i carinski ugovor između vodeće plemićke porodice Pavlović i dubrovačke republike. Bitno je spomenuti da je i ugledni bosanski vladar Kulin ban baš sa tom istom dubrovačkom republikom potpisao jedan značajan ugovor za tadašnju bosansku državu.

U tom periodu srednjovjekovne bosanske države u Ustikolini je postojala velika pijaca na kojoj se trgovalo raznim robama sa trgovcima koji su dolazili iz drugih krajeva i sistemom trampe(roba za robu) nudila poljoprivredne, suhomesnate, ali i mliječne proizvode, te kožu i tkaninu.

 Prije dolaska Osmanlija u brdima oko Ustikoline, ali i u cijelom kraju sadili su se vinogradi, a mjesto je bilo poznato po još nizom različitih zanata, koja su svoj procvat doživjela dolaskom Osmanlija.

 Na ovom području u vrijeme srednjovjekovne Bosne živjeli su patareni(bogumili), za koje se vezuje i naziv Bošnjaci, odnosno dobri Bošnjani.

 Kad su Turci Osmanlije 1463. godine došli u selo Jošanicu i prešli u Bosnu, naišli su na oružani otpor dijela Bošnjaka, odnosno bosanske vojske. Ovi sukobi su proizveli nekoliko grobalja na različitim lokacijama, u Jošanici, na Presjeci i drugo, koje i danas možemo vidjeti ako se krećemo pomenutim lokacijama.

 Kad je sultan Mehmed Fatih došao na područje Ustikoline, u samom naselju su živjela tri brata, ugledne porodice Kujundžić. Dvojica su prihvatila Islam, a treći brat je ostao bogumil.

Međutim, sve trojici je sultan poklonio spahiluke i fermane na upravljanje imajući puno povjerenje u njih. Kasnije su ovi Kujundžići dobili naziv Spahići, osim trećeg brata koji je ostao na staroj vjeri. On se nastanio u Ligatima(selu nedaleko od Ustikoline). Kasnije su neki od potomaka pomenute porodice iz Ligata preselili u Foču, gdje su primili pravoslavlje i postali jedni od najpoznatijih zanatlija svoga vremena. Vješti i ugledni.

 Prva džamija u Bosni

 Po zvaničnom podatku prva džamija na tlu BIH napravljena je u Ustikolini 1491 godine, a nailazio sam i na druge nezvanične podatke koji govore da je to bilo i znatno ranije(čak 1463.godine).

Izgradnju džamije je finansirao Turhan Emin-beg, veoma obrazovana osoba, koja je ostala upamćena po mnogim pozitivnim dobrima koje je učinio za domicijalno bosansko stanovništvo Ustikoline.

Da je bio obrazovan i ugledan čovjek govori i podatak da je u jednom vremenu bio

imenovan za turskog konzula u dobrovačkoj republici, a po obavljenom službovanju ponovo se vratio u Ustikolinu. Ostalo je nepoznato gdje je ukopan. 70-tih godina prošlog vijeka grupa arheologa iz Sarajeva tragala je za njegovim mezarom na Presjeci(mjestu iznad Ustikoline). Slijedeći zapisnik o tom istraživanju kaže se da je tom prilikom pronađen samo dio nišana na kome piše ''Turhan'', a drugi dio nije pronađen, te je i dalje ostala tajna mjesta njegovog ukopa.

Prolazeći ovim krajevima čuveni putopisac Evlija Čelebija, u drugoj polovici 17 vijeka, pohodio je Ustikolinu i Foču i tom prilikom za Ustikolinu rekao da je tu zatekao 176 kuća, Turhan Emin-begovu džamiju i turbe, te mnoštvo dućana, kujundžiluka i konaka. Ustikolina je imala status kasabe, a u prvom vijeku Turske vladavine imala je veći kulturni i politički značaj od Foče.Evlija navodi da je u Foči zatekao 18 džamija, sahat-kulu, oko 500 dućana i jednu crkvu. I na kraju Evlija konstatuje da se stanovnici, bez obzira da li bili muslimani ili pravoslavci, masovno bave vinogradarstvom.

Džamija u Ustikolini je prvobitno zidana od kamena u pravoj četvorini, a sa svake strane

zida imala je po četiri prozora, koji su bili izrađeni u arapskom stilu.

Munara, podignuta na desnoj strani džamije, sazidana je od tesanog kamena, a na vrhu ispod šerefe oko munare istesane su u kamenu fine šare u obliku čaše(stalaktita). Visina munare bila je skoro identična visine Aladža džamije u Foči. Kako sama džamija, tako i munara bila je pokrivena olovom, a sofa pred džamijom crijepom. Krov džamije i munare mjenjao se vremenom, dočim su temeljni zidovi ostajali isti.

U džamiji nije bilo nikakvih šara, osim jedne na zidovima mimbere.

U posljednjem ratu došlo je do rušenja Turhan Emin-begove džamije, koja je velikim entuzijazmom i voljom ovdašnjih vjernika ponovo sagrađena. Trenutno je poznata po visini svoge minareta koji iznosi oko 60 m. U blizini džamije nalazi se mekteb, imamska kuća, abdestahana, gusulhana, te ured medžlisa IZ-e.

Oko džamije nalazi se staro groblje, a desno od iste nalazi se turbe u kojem je ukopan Kadri alaj-beg Čengić, koji je bio praotac današnje obitelji Čengića sa Odžaka, koje je udaljeno par kilometara od Ustikoline.

     Ustikoljani su od ranije bili poznati kao vrlo vrijedni i marljivi ljudi. Jedan period uz Fočake bili su poznati i po uzgoju vinove loze, a kasnije po sadnji i obradi duhana, ali i po mnogim bitnim zanatima.