Novoformirana država obuhvatala je Kraljevinu Srbiju, Makedoniju, Crnu Goru, te Bosnu i Hercegovinu, Hrvatsku i Sloveniju, koje su bile u sastavu Austro-Ugarske monarhije. Također, sa završetkom Prvog svjetskog rata i formiranjem državne zajednice jugoslovenskih naroda za Bosnu i Hercegovinu i Bošnjake nastupa izuzetno težak period. Vidovdanski ustav iz 1921. godine propisao je ravnopravnost tri plemena jugoslovenskog naroda (Srbi, Hrvati i Slovenci), dok su se drugi narodi (Bošnjaci, Albanci, Makedonci i Crnogorci) morali pisati u Srbe, Hrvate ili Slovence. Jednostavno, nisu imali ni status plemena. Bosanski Srbi i Hrvati bili su zadovoljni formiranjem nove državne zajednice, dok se Bošnjaci stavljaju u građane zadnjeg reda bez gotovo ikakvih prava.
Prvi put u svojoj hiljadugodišnjoj povijesti s ovim geopolitičkim promjenama Bosna i Hercegovini gubi svoj teritorijalni integritet, kao i državno-pravne i povijesne posebnosti. Neposredno nakon formiranja Kraljevine Srba, Hrvata i Slovenca, Vlada Bosne i Hercegovine se pretvara u Zemaljsku upravu, s ograničenim i smanjenim pravima, zatim 1921. godine se naziva Pokrajinskom, da bi 1924. godina bila i potpuno ukinuta. Poslije toga u Bosni i Hercegovini formira se šest upravnih oblasti (Sarajevska, Tuzlanska, Bihaćka, Travnička, Mostarska i Vrbaska), a nakon zavođenja šestojanuarske diktature, teritorij Bosne i Hercegovine podijeljen je na četiri banovine; Drinsku, Vrbasku, Primorsku i Zetsku, sa sjedištima u Sarajevu, Banjoj Luci, Splitu i Cetinju. S ovim uređenjem dijelovi Bosne i Hercegovine, po prvi put pripojeni su jedinicama čije je sjedište izvan Bosne i Hercegovine. Dugogodišnji sukob i neslaganje Srba i Hrvata po pitanju podjele teritorije rezultirao je sporazumom Cvetković-Maček 1939. godine. Prema ovom sporazumu Banovini Hrvatskoj pripojeno je 13 kotareva, koji su uvijek pripadali Bosni i Hercegovini, tj. one teritorije u kojima živi više od 50% Hrvata, ne uzimajući u obzir Bošnjake. Ostale bosanskohercegovačke teritorije trebale su da ostanu kao dio planirane velike Srbije.
Drugi svjetski rat: bošnjačka nespremnost i neorganiziranost
Pretenzija Srbije i Hrvatske nad Bosnom i Hercegovinom i Bošnjacima u Drugom svjetskom ratu dobija drugu dimenziju. Naime, nametnuto pitanje Bosne i Hercegovine u jugoslovenskom kontekstu počinje se rješavati vojnim operacijama, što će rezultirati strašnim zločinima u Bosni i Hercegovini. Formiranjem Nezavisne države Hrvatske ili Velike Hrvatske ukinuta je Kraljevina Jugoslavija, dok Bosna i Hercegovina postaje sastavni dio hrvatske države, izgubivši svoj državni i politički identitet. Ovakav splet događaja zatekao je Bošnjake potpuno nespremne i neorganizirane. Ta nespremnost ogledala se u političkoj i nacionalnoj neorganiziranosti i rasutosti, bez jasnog političkog cilja i djelovanja, što je otežavalo odbranu i čuvanje vlastitih života i egzistencije. Susjedni narodi, Srbi i Hrvati, s Drugim svjetskim ratom uspostavljaju svoje nacionalne države, vojsku i policiju, s jasnim pretenzijama na Bosnu i Hercegovinu.
U pojedinim mjestima postojala je određena saradnja Bošnjaka s njemačkim okupatorima, prvenstveno u cilju čuvanja vlastite egzistencije i odbrane od srpskih zločina. Naime, kao potpuno nezaštićen i usamljen narod, nakon strašnih zločina u Istočnoj Bosni i Hercegovini, Bošnjaci pokušavaju pronaći bilo kakvog zaštitnika, te je stoga i određeno okretanje njemačkim vlastima tokom Drugog svjetskog rata bilo te prirode.
S početkom rata rukovodstvo Islamske zajednice zauzima pasivnu ulogu, ne preduzimajući nikakve značajne korake, kao da su posmatrali i čekali rasplet događaja. Sredinom rata, tačnije 1942. godine, umire i reisu-l-ulema Fehim ef. Spaho tako da pored nedostatka političkih predstavnika Bošnjaci ostaju i bez reisu-l-uleme, svog najvećeg vjerskog autoriteta
Položaj između dvije strane, između hrvatskih i srpskih nacionalnih i političkih koncepata, tokom Drugog svjetskog rata bio je bez sumnje jedan od najtežih perioda u povijesti Bošnjaka. Prisvajanjem Bosne i Hercegovine u sastavu Nezavisne države Hrvatske u aprilu 1941. godine, Bošnjaci se bez ikakve saglasnosti proglašavaju Hrvatima, prema zakonskoj odredi o arijevskom porijeklu, te im se na taj način oduzima narodni subjektivitet, dok je prema Srbima, Jevrejima i Romima vršen do tada neviđen zločin.
Organizirani i planski zločini nad Bošnjacima
Tokom Drugog svjetskog rata Bošnjaci su se nalazili između dva relativno jaka naroda, Srba i Hrvata, i njihovih nacionalističkih i šovinstičkih pokreta. I jedan i drugi pokret za cilj je imao Bosnu i Hercegovinu, dok su Bošnjaci podvrgnuti različitim metodama asimilacije i na koncu do tada neviđenim pokoljima. Prema Vladimiru Dedijeru i njegovom istraživanju, koje je sastavljeno od brojnih dokumenata, iskaza kao i arhivske građe, nad Bošnajcima su četnici predvođeni Dražom Mihajlovićem tokom Drugog svjetskog rata izvršili do tada neviđen pokolj - genocid. Prema Vladimiru Dedijeru i Antunu Miletiću jedan od oblika zločinačkih radnji genocida jeste i oduzimanje subjektiviteta jednog naroda ili javnog proglašavanja da oni pripadaju drugom narodu. To su činili i Ante Pavelić i vodeći društveni krugovi u NDH. (Vidi više; Vladimir Dedijer i Antun Miletić, Genocid nad muslimanima 1941-1945., zbornik dokumenata i svjedočenja, II izdanje, Svjetlost, Sarajevo, 1990., str. XX.) Tokom Drugog svjetskog rata stradalo je 8,1% Bošnjaka, prema čemu su, nakon Jevreja, procentualno najveći stradalnici tokom Drugog svjetskog rata. (Mehmedalija Bojić, Historija Bosne i Bošnjaka, str. 198.)
Pokretanje rezolucija - jasno društveno djelovanje
U predvečerje Drugog svjetskog rata, posebno tokom 1939. godine, nekoliko događaja znatno će utjecati na Bošnjake i njihovo društveno djelovanje, što će rezultirati radikalnim promjenama i u Bosni i Hercegovini. Prvi događaj je nerazjašnjena smrt Mehmeda Spahe u Beogradu u ljeto 1939. godine, kad se Bošnjaci politički obezglavljuju i razbijaju, a drugi je sporazum Cvetković-Maček, u jesen iste godine, koji po prvi put u hiljadugodišnjoj povijesti dijeli Bosnu i Hercegovinu, te na taj način pripaja njene djelove Srbiji i Hrvatskoj.
S početkom rata rukovodstvo Islamske zajednice zauzima pasivnu ulogu, ne preduzimajući nikakve značajne korake, kao da su posmatrali i čekali rasplet događaja. Sredinom rata, tačnije 1942. godine, umire i reisu-l-ulema Fehim ef. Spaho tako da pored nedostatka političkih predstavnika Bošnjaci ostaju i bez reisu-l-uleme, svog najvećeg vjerskog autoriteta
Tokom Drugog svjetskog rata postojala je određena saradnja predstavnika Islamske zajednice s vlastima Nezavisne države Hrvatske, međutim neposredno nakon prvih zločina nad Srbima, Jevrejima i Romima, Udruženje ilmijje Islamske zajednice, na čelu s Mehmedom Handžićem i Kasimom Dobračom, diže svoj glas, te kroz rezoluciju osuđuje ustaške zločine. U rezolucijama tokom Drugog svjetskog rata u kojima se bosanski muslimani ograđuju od onih pojedinaca iz vlastitih redova, koji su činili zločine, te podižu svoj glas protiv strašnih pokolja i progona Bošnjaka. Prema Muhamedu Hadžijahiću, s ovim rezolucijama prestaje politička i socijalna izgubljenost Bošnjaka. Rezolucije, koje potpisuju muslimanski intelektualci i privrednici u Sarajevu, Banjoj Luci, Bijeljini i drugim bosanskohercegovačkim gradovima, predstavljale su odlučan korak naprijed u procesu njihova istrgavanja iz političke dezorijeniranosti i pasivnosti ka aktivnoj borbi, zaključuje Hadžijahić. (Muhamed Hadžijahić, Islam i muslimani u Bosni i Hercegovini, str. 137.) Sarajevsku rezulucije potpisalo je više od sto istaknutih bošnjačkih intelektualaca, predstavnici El-Hidaje, rektor i svi profesori Više islamske šerijatske sudačke škole, direktor i svi profesori Šerijatske gimnazije, direktor i svi profesori Gazi Husrev-begove medrese, predsjednik i članovi Ulema medžlisa, predstavnici kulturnih i prosvjetnih društava, književnici, sudije, ljekari, bankari, trgovci, studenti. Banjalučku rezoluciju potpisalo je 65, Bijeljinsku 73, Tuzlansku 22 ugledna Bošnjaka.
Ulema pod opasadom
Sve do kraja rata Sarajevo je bilo pod opsadom. Dok je veći dio teritorije Bosne i Hercegovine bio oslobođen i dok su se pokretali i organizrali plenumi kao i veliki društveno-politički skupovi širom zemlje, poput ZAVNOBIH-a i AVNOJ-a, u glavnom su gradu sve do kraja rata bili prisutni okupatorski vojnici. Stoga svi vjerski autoriteti, kao i ostali intelektualci koji su u to vrijeme boravili u Sarajevu, bili su pod okupacijom i njihovo djelovanje bilo je pod opsadom. U tom pogledu važno je posmatrati svaki njihov potez kao i općenito njihov društveni angažman.
Kasim Dobrača nebrojeno je puta opisivao teške i dramatične situacije tokom te opsade. Na jednu od sjednica Udruženja ilmijje, prema rječima Kasima Dobrače, ušla je tajna njemačka policija 'Gestapo'. Naredili su prisutnim da napuste prostoriju a Handžiću i Dobrači da ostanu. Tada su tražili od Mehmeda Handžića da se ogradi od rezolucije ili da je poništi, nakon čega je Handžić ustao, uzeo Kur'an s rafe u ruku, te na jedan potpuno smiren i dostojanstven način kazao: Ovo je moj vodič! Ne možete me natjerati da uradim nešto što je u suprotnosti s univerzalnim porukama ove Knjige!
Bošnjačke rezolucije tokom Drugog svjetskog rata, shodno okolnostima i ambijentu u kojem su nastale, bile se u to vrijeme jedan snažan glas ili bolje kazati krik u tadašnjoj Evropi poklopljenoj fašističkim ideologijama. Zapravo bilo je to jedno snažno svjetlo u tadašnoj mračnoj Evropi, koje je najavljivalo jednu novu Evropu i Svijet, kakvog ga je vidio Mehmed Handžić sa svojim saradnicima i savremenicima.
Bošnjaci i NOB
Bošnjaci nisu iskazivali žal za raspadom Kraljevine Jugoslavije, također nisu željeli ni NDH, i tu su velikodržavnu tvorevinu prezirali. Mali procenat Bošnjaka pridruživao se ustašama. Bilo je mišljenja i stavova među Bošnjacima da Bosna i Hercegovina bude zasebna jedinica pod protektoratom Njemačke. Ti stavovi javljali su se tokom četničkih zločina nad Bošnjacima u Istočnoj Bosni i Hercegovini. Nakon što je Narodnooslobodilački pokret predvođenom Josipom Brozom Titom javno priznao etničku posebnost i politički subjektivitet Bošnjacima, pod nazivom Muslimani, tada dolazi do masovnog pridruživanja Bošnjaka ovom pokretu i u njemu učestvuju. Bio je to prvi put da se Bošnjacima u jugoslovenskim društveno-pravnim okvirima prizna kakva takva posebnost i politički subjekivitet. Umjesto priklanjanja zagrebačkoj ili beogradskoj desnici, čija je strategija bila podjela Bosne i Hercegovine i asimilacija Muslimana, Bošnjaci se okreću antifašističkim snagama, prvenstveno zbog zalaganja za socijalnu pravdu, za 'ravnopravnost naroda' i za kompaktnost i cjelovitost Bosne i Hercegovine.
Pokret Narodnooslobodilačke borbe, kojeg je predvodio Josip Broz Tito, priznavao je muslimanima njihovu etničku posebnost i politički subjektivitet. To je bilo stanovište Komunističke partije i prije Drugog svjetskog rata, koje ih je razlikovalo od drugih političkih partija i pokreta. Nakon partizanskog oslobađanja Bihaća u novembru 1942. godine i prijenosa Vrhovnog štaba NOB-a iz istočne Bosne u Bosansku krajinu, što je prekretnica ratnih sukoba i dešavanja tokom Drugog svjetskog rata na području Jugoslavije, više od sto hiljada Bošnjaka iz Cazinske krajine dolazi u izravan dodir s ciljevima i politikom NOB-a, što je rezultiralo njihovim pristupom partizanskim odredima u ovom dijelu Bosne. Takoder, oslobađanjem Tuzle u oktobru 1943. godine i masovnim priključivanjem Bošnjaka NOB-u, stvorile su se vojne i političke pretpostavke za održavanje osnivačke skupštine ZAVNOBIH-a. Na održavanju AVNOJ-a u Bihaću i ZAVNOBIH-a u Varcar Vakufu (Mrkonjić Gradu) definiran je politički položaj Bosne i Hercegovine, čime se Bosni i Hercegovini vraća prirodna kompaktnost teritorije i ravnopravan status s drugim federalnim jedinicama u Jugoslaviji, te zaustavlja velikohrvatska aneksija nad Bosnom i Hercegovinom kroz NDH kao i velikosrpske pretenzije uključivanja Bosne i Hercegovine u tzv. Veliku Srbiju. Na zasjedanju ZAVNOBIH-a predstavnici sva tri bosanska naroda, kao i ostali narodi, koji žive u Bosni, donijeli su odluku o obnovi bosanske države i da kao takva pristupa Federativnoj demokratskoj Jugoslaviji, koja će biti formirana nekoliko dana kasnije na zasjedanju AVNOJ-a u Jajcu. U svim ovim procesima definiranja političkog i državnog uređenja Jugoslavije aktivno učešće imali su Bošnjaci. Enver Redžić u svojoj studiji "KPJ, NOP, ZAVNOBiH i Muslimani" zaključuje: "Na kraju ratnog razdoblja (1941-1945.) pretežan dio Muslimana bio je uključen u NOP i aktivno učestvovao u svim njegovim vojnim i civilnim institucijama. Široke muslimanske mase pozdravile su okončanje rata i akciono se svrstali iza proklamovanih državnih i društvenih ciljeva."
Komunističko nepoštivanje ZAVNOBiH-a
Po okončanju Drugog svjetskog rata Komunistička partija Jugoslavije pretvara antifašističku borbu u socijalističku revoluciju i stvaranje socijalizma, čije je sprovođenje popraćeno različitim pravnim, ekonomskim, političkim, kulturnim i duhovnim nasiljem. Neposredno po okončanju rata nastupa diskriminacija Bošnjaka u političkom, državnom i društvenom životu. Nakon socijalističke revolucije i uspostavom nove Federativne narodne republike Jugoslavije privodi se kraju proces modernizacije bosanskohercegovačkog društva. S ovim promjenama dolazi do sekularizacije države i društva, a samim tim i ukidanja šerijatskih sudova, hidžretskog kalendara, arapskog pisma (arebice), zatvaranja medresa, zabrane zara i feredže itd. Na taj način bosanskohercegovačko društvo, nakon dugog procesa modernizacije, završava svoj prijelaz iz orijentalno-islamskog u zapadnoevropski kulturno-civilizacijski krug.
