„ 1. Pitanja od zajedničkog interesa za Bosnu i Hercegovinu, neku ili više crkava i vjerskih zajednica mogu se uredjivati sporazumom koji zaključuje Predsjedništvo BiH, Vijeće ministara, vlade entiteta i crkva, odnosno vjerska zajednica.“ Na ovaj način, BiH se opredjelila za rješenje po kome se položaj i djelovanje vjerskih zajednica reguliše zakonom i sporazumima (ugovorima) na temelju zakona.

Kratka historija ugovora između države i vjerskih zajednica u BiH

Prva vjerska zajednica, odnosno crkva koja se pristupila ugovornom regulisanju vjerskih pitanja sa državom bila je Katolička Crkva, odnosno Sveta Stolica kao univerzalni autoritet ove crkve. U stvari, Sveta Stolica je još od 2002, dvije godine prije donošenja Zakona o slobodi vjere u BiH, pokrenula inicijativu za sklapanje ovakvog ugovora. Ti napori su odgođeni za vrijeme nakon stupanja na snagu Zakona o slobodi vjere u BiH. Odmah po stupanju ovog zakona na snagu, početkom 2005. reaktivirani su ovi napori i izrađen je prijedlog ugovora između Svete Stolice i BiH. Ovaj akt, nazvan Temeljni ugovor između Svete Stolica i BiH (Basic Agrrement Between the Holy See and Bosnia and Herzegovina), potpisan je u zgradi Predsjedništva BiH dana 19. aprila 2006, na godišnjicu izbora pape Benedikta XVI, što je i državni praznik Vatikana. Dana 29. septembra 2006. potpisan je i Dodatni protokol na Temeljni ugovor između Svete Stolice i Bosne i Hercegovine. Službeni jezik ovih dokumenata je engleski a neslužbeni prevod na hrvatski načinio je dr don  Tomo Vukšić, profesor na Vrhbosanskoj katoličkoj teologiji u Sarajevu

Po svojoj prirodi ovaj ugovor je međunarodni ugovor pošto Sveta Stolica ima status subjekta međunarodnog prava. Zbog takve prirode ugovor je trebalo ratifikovati, odnosno pretočiti u bosansko-hercegovačko zakonodavstvo nakon prihvatanja od strane državnog zakonodavnog tijela. Kod ovakvih ugovora, tek kada ovlašteni predstavnici obje strane razmijene ratifikacione instrumente - izjave o službenom prihvatanju ugovora - ugovor stupa na snagu. Razmjena ratifikacionih instrumenata obavljena je u Rimu dana 25. oktobra 2007, na dan smrti bosanske kraljice Katarine Kotromanić-Kosača umrle u Rimu 1478. Ratifikacijski instrumenti su razmijenjeni prilikom audijencije Željka Komšića, predsjednika Predsjedništva BiH, kod pape Benedikta XVI. Predsjednik Predsjedništva BiH u povodu razmjene ratifikacijskih instrumeneta susreo se sa kardinalom Tarcisiom Bertoneom, državnim sekretarom Svete Stolice i nadbiskupom Domiqueom Mambertijem, sekretarom vatikanskog Sekretarijata za odnose sa državama.

Temeljni ugovor izmedju Svete Stolice i Bosne i Hercegovine ima  19 članova. Značajna je okolnost da je upravo Sveta Stolica koja ima vjekovno iskustvo u sklapanju ovakvih i sličnih ugovora prva sklopila ugovor sa BiH i na taj način uticala na sadržaj budućih ugovora sa ostalim crkvama i vjerskim zajednicama. Naime, od konkordata iz Wormsa (1122) izmedju pape Callixtusa II i imperatora Svetog rimskog castva Henrija V, do savremenog doba, Sveta Stolica je sklopila više od 150 ugovora sa pojednim državama kojima su regulisana pitanja iskazivanja katoličke vjere i položaja Crkve na njihovim teritorijama. Ti ugovori nosili su naziv konkordat, sve do 1980 ( kada je posljednji formalni konkordat prestao da važi). Nakon toga koriste se termini ugovor ili temeljni ugovor.

Glavni razlog činjenice da Katolička crkva ima najdužu tradiciju sklapanja ugovora sa teritorijalnim državama leži u okolnosti da je tokom historije u kršćanskom svijetu bio prihvaćen model razlikovanja političkog i religijskog autoriteta pa se onda postavilo i pitanje njihovih međusobnim odnosa. Bilo je slučajeva kada je religijski autoritet dominirao nad političkim (papocezarizam), slučajeva kada je politički autoritet dominirao nad religijskim (cezaropapizam) ili kada su njihovi odnosi bili manje-više harmonični. U svakom slučaju od 12. stoljeća razvijena je praksa u zapadnoj Evropi da se ti odnosi regulišu ugovorima. Vremenom je ta praksa protegnuta na sve religijske zajednice. U muslimanskom svijetu takva praksa nije postojala pošto je sve do 20.stoljeća  prevladavao model jedinstva religijskog i političkog autoriteta (din ve devlet) te nisu postojali posebni entiteti islamske zajednice odvojene od državnih institucija pa samim tim ni potreba da se njihovi odnosi regulišu ugovorima. U okviru tog koncepta, politički autoritet je uglavnom dominirao nad religijskim.

Nakon Svete Stolice, Srpska pravoslavna crkva je pristupila sklapanju ugovora sa BiH. Taj akt, nazvan Osnovni ugovor izmedju Srpske pravoslavne crkve i Bosne i Hercegovine, potpisali su u Sarajevu 3 decembra 2007 u ime SPC  Patrijarh Srpski gospodin Pavle a u ime BiH, po ovlašćenju Predsjedništva BiH, ministar za ljudska prava i izbjeglice BiH dr Safet Halilović. Ovaj ugovor još nije ratifikovan. Problem je u tome što je u slučaju Temeljnog ugovora između Svete Stolice i BiH očigledno da se radi o međunarodnom ugovoru te  Predsjedništvo donosi odluku o ratifikaciji na osnovu člana V. 3 (d) Ustava BiH. U slučaju Osnovnog ugovora između Bosne i Hercegovine i Srpske pravoslavne crkve, SPC nije međunarodnopravni subjekt nego Crkva čiji je sjedište u stranoj zemlji. Zato je u Predsjedništvu BiH postavljeno pitanje ratifikacije i da li potvrđivanje ovog ugovora spada u nadležnost Predsjedništva na osnovu člana V.3(d) Ustava BiH. Ostaje da se vidi kako će se ovo pitanje razriješiti.

Konačno, 12. marta 2008. Rijaset IZ u BiH donio je odluku da pristupi postupku sklapanja ugovora sa državom. Na taj način i najbrojnija vjerska zajednica u BiH odlučila se i za ugovorno regulisanje, nakon što je njeno vodstvo jedno vrijeme smatralo da je dovoljan zakonski okvir. Prethodno su dva organizaciona dijela ove zajednice - Islamska zajednica u Hrvatskoj i Islamska zajednica u Sloveniji - sklopili odgovarajuće ugovore sa državama u kojima djeluju. Sadržina teksta ugovora IZ i državeBiH biće određena sadržajem prethodno potpisanih ugovora. Na temelju principa jednakosti, ono što se garantuje jednoj crkvi i vjerskoj zajednici mora se garantovati i ostalim u jednakom obimu. Zato je korisno u ovoj fazi znati šta je to sadržaj dosadašnjih ugovora sa državom u BiH (vidi: prilog ).

Radi uporedne perspektive korisno je takođe imati na umu šta je garantovano IZ u zemljama okruženja, kao što je Hrvatska i Slovenija.

Priroda ovog ugovora biće određena statusom i sjedištem IZ. Naime, sjedište IZ u BiH je u Sarajevu (čl. 20 Ustava IZ u BiH). Prema tome, ugovor će sklapati vjerska zajednica čiji je sjedište u BiH sa državom BiH. To je, onda, ugovor unutrašnjeg prava. U slučaju Katoličke crkve u BiH riječ je o međunarodnom ugovoru a u slučaju Srpske pravoslavne crkve o ugovoru između države i crkve koja ima sjedište u drugoj državi (elemenat inostranosti). Očigledno je da različiti tipovi vodstva koji postoje u slučaju različitih crkava i vjerskih zajednica dovode i do različite pravne prirode ugovora. U svakom slučaju u pogledu sadržine slijedi se princip jednakosti.

Funkcija ugovora

Već od same najave sklapanja ugovora između države i crkava, odnosno vjerskih zajednica u javnosti se postavljalo pitanje da li su ti ugovori neophodni pošto postoji zakon koji reguliše slobodu vjere i pravni položaj crkava i vjerskih zajednica. Na ovo pitanje bi se moglo odgovoriti da ti ugovori nisu neophodni ali su korisni. Korisno je, naime, da se preciziraju međusobni odnosi ova dva autoriteta, da se riješe pitanja koja nisu obuhvaćena zakonom i na taj način eliminišu mogući nesporazumi.Sa teorijskog i praktičnog aspekta, bolje je imati precizne i konkretizovane  norme nego neizvjesnost.

Na primjer, Republika Hrvatska je već prije pet godina ugovorno regulisala odnose sa svim crkvama i vjerskim zajednicama na svom području. Prvi ugovor sklopila je sa Svetom Stolicom  i on je ratifikovan 13. februara 1997. Tokom 2003. Vlada Republike Hrvatske sklopila je ugovore sa pet ostalih crkava i vjerskih zajednica, uključujući i Islamsku zajednicu u Hrvatskoj. Ti ugovori se označavaju kao „ugovor između vlade Republike Hrvatske i (odredjene crkve/ vjerske zajednice) o pitanjima od zajedničkog interesa“.  

Ugovori nekada idu i korak dalje od zakona. Na primjer, Temeljni ugovor Svete Stolice i Bosne i Hercegovine sadrži neke odredbe kojih nema u Zakonu o slobodi vjere u BiH. Takve su odredbe da u slučaju istrage protiv svećenika i redovnika državne vlasti prije preduzimanja mjera moraju o tome obavijestiti crkvene vlasti (čl.8); da će u roku od deset godina od stupanja na snagu ovog ugovora BiH vratiti Katoličkoj crkvi nacionalizovana dobra ili za njih dati pravednu naknadu (čl.10); da će država BiH posebnim zakonom urediti da pet svetkovina budu neradni dani za sve katolike u zemlji (čl.9) itd.

Sporazumi ili ugovori, takodje pokazuju da se država i crkve odnosno vjerske zajednice sporazumijevaju radi ostvarivanja opšteg dobra. Odvajanje i saradnja političkog i religijskog autoriteta jeste glavna tendencija u savremenim državama. Ovo je posebno potrebno naglasiti u slučaju tranzicijskih zemalja koje iz socijalizma prelaze u liberalnu demokratiju. Te zemlje su u ranijem periodu uglavnom iskusile odvajanje države i religije i društvenu marginalizaciju vjernika. Odvajanje je često shvaćano kao kontrola, potiskivanje i nadređenost. Iz te paradigme treba preći u paradigmu „odvajanje i saradnja“. Paradigma „odvajanje i saradnja“ znači: (1) strukturalno i funkcionalno odvajanje političkog i religijskog autoriteta i (2) njihova saradnja radi ostvarivanja opšteg dobra. Saradnja nije da jedan autoritet preuzima funkcije drugog autoriteta, već da i jedan i drugi, svako iz svoga domena, sarađuju na ostvarivanju zajedničkih ciljeva i zaštiti zajedničkih vrijednosti u društvu. Ugovorno regulisanje odnosa države i crkve odnosno vjerskih zajednice može pomoći afirmaciji ove paradigme.