Mustafa Hilmi ef. Hadžiomerović rođen je u Kulen Vakufu 1816. godine. Ocu mu je bilo ime Omer, pa je Mustafa-ef. na osnovu titule i imena oca prozvan Hadžiomerović. Početno mektepsko obrazovanje završio je u rodnom mjestu pred muallimom Husein-efendijom. Nastavio je školovanje u medresama; kratko u Prijedoru, a kasnije u Sarajevu u Hanikahu Kuršumlija medrese gdje je slušao predavanja pred muderrisom i šejhom Muhammed-efendijom Kučukom. Osim redovne nastave slušao je i kućna predavanja sarajevskog muftije Muhammed Šakir-efendije Muidovića zatim kadije i muderrisa Muhammed-efendije Telalagića (Gore). Godine 1833. otišao je u Istanbul i upisao se u Hakim Čelebi medresu u kojoj su muderrisku službu obavljali poznati muderrisi Vidinlija i Denizlija. Nakon petnaest godina provedenih na školovanju u Istanbulu, za što je uredno dobio idžazet, vratio se u Sarajevo 1852. godine i prihvatio ponudu na upražnjeno mjesto muderrisa Gazi Husrev-begove medrese, koje je do preseljenja na Ahiret držao njegov bivši učitelj Mehmed-efendija Kučuk. Na ovoj dužnosti je ostao do 1888. godine. Uporedo s muderriskom službom bio je i imam Arebi-atik žamije u Sarajevu. Do penzionisanja držao je u Hanikahu predavanja iz hadisa prevodeći Sahihul-buhari. Smjenom Muhamed Šakir-efendije Muidovića 1856. godine ostalo je upražnjeno mjesto sarajevskog muftije. Mustafa Hilmi-efendija se već bio istakao na mjestu muderrisa u Kuršumliji medresi i skrenuo pažnju na sebe posebno dobrim poznavanjem šerijatskog prava. Prihvatio je ponuđeno mjesto sarajevskog muftije i tako naslijedio i svog drugog učitelja iz medresanskih dana. Službu sarajevskog muftije obavljao je skoro četiri decenije, odnosno sve do odlaska u penziju 1893. godine. Kao muftija izdao je veliki broj fetvi, među njima i onu o ekshumaciji grobova i izgradnji na tom mjestu „po vakuf koristonosnih zgrada“. Ništa manje važna nisu i dva raspisa koja je izdao i to za suzbijanje zaraznih bolesti 1881. i protiv upotrebe alkoholnih pića početkom 1844. godine.

Okupacijom Bosne i Hercegovine od strane Austrougarske monarhije bosanskohercegovački muslimani su se našli u teškoj političkoj, društvenoj i ekonomskoj situaciji. Dobar dio vjerskih prvaka nije bio dorastao izazovima vremena te su, pod različitim izgovorima napustili Bosnu i nastanili muhadžirska naselja od Skoplja, preko Istanbula do Meke i Medine, pravdajući to najčešće vjerskim razlozima. Samo vizionari svoga vremena, angažirani intelektualci, smogli su hrabrosti, snage i mudrosti da u tom periodu vlastitim primjerom i držanjem ukažu na nužnost trezvenog i racionalnog prilagođavanja novonastalim okolnostima. Jedan od njih, ili među prvima i najodlučnijima bio je i Mustafa Hilmi-ef. Hadžiomerović.

Carigradskom konvencijom iz aprila 1879. godine Austrougarska se obavezala da će uređivanje vjerskih poslova muslimana i dalje ostati u nadležnost šejhu-l-islama. Austrougarska je na sve načine nastojala tu vezu prekinuti, te je putem generala Filipovića, komandanta jedinica koje su izvršile okupaciju Bosne i Hercegovine i fra Grge Martića izdejstvovala predstavke i odlazak dvaju delegacija muslimana koje su, tobože, samoinicijativno, i uz potpise 58 njihovih predstavnika priznali krunu Habsburga i izrazili spremnost odvajanja od Mešihata u Istanbulu, kao i želju da izborom vlastitog predstavnika sami uređuju svoje vjerske poslove. Okupaciona vlast je otcjepljenje muslimana Bosne i Hercegovine od carigradskog Mešihata postavila kao „najveći željeni cilj“ s tim da se to izvede tako da „dobrovoljnost“ muslimana u tome dođe do punog izražaja. Kada je osmanska uprava imenovala Ahmeda Šukri-efendiju 18. juna 1880. godine za muftiju u Bosni, Austrougarska je poduzela sve potrebne radnje kako bi spriječila njegov dolazak, u čemu je i uspjela. Da bi preduhitrio namjere Austrougarske, šejhu-l-islam je 9. februara 1882. godine dekretom ovlastio Mustafu Hilmi-efendiju Hadžiomerovića „da sve vjerske stvari i sve šerijatske poslove izviđa i vrši, te da za okružja i kotare sposobne kadije postavlja i imenuje“ ujedno mu povjerivši i Vrhovni šerijatski sud.

S druge strane, Austrougarska je učinila sve kako bi imenovanjem reisu-l-uleme prekinula duhovnu vezu Sarajeva sa Mešihatom u Istanbulu i tako pod svoju upravu stavila, prije svega, vakufske poslove. Mustafa Hilmi-ef. im se učinio najpogodnijom ličnošću za tu poziciju zbog njegovog obrazovanja, nespornog ugleda među muslimanskim masama, a i činjenice da je i od same Porte ovlašten za te poslove, te bi i otpor Istanbula bio manji. Imajući sve navedeno u vidu Austrougarska je carskom odlukom od 17. oktobra 1882. godine imenovala Mustafu Hilmi-efendiju Hadžiomerovića za prvog reisu-l-ulemu Bosne i Hercegovine i četvoricu članova Ulema medžlisa. Svečano ustoličenje prvog reisu-l-uleme obavljeno je 15. decembra 1882. godine u velikoj Sali u Konaku. Na ovaj način Bošnjaci su uspostavili vlastitu Islamsku zajednicu neovisnu od šejhu-l-islama u Istanbulu.

Na svim poslovima koje je obavljao Mustafa Hilmi-efendija se potvrdio kao veoma obrazovan čovjek, vizionar, koji nije žalio sebe u realizaciji zadanih ciljeva. Bio je član Prosvjetne komisije formirane 1869. godine sa zadatkom da provodi reforme u prosvjeti i vrši nadzor nad školama i bibliotekama. Zalagao se za evidenciju i nadzor nad vakufima, reformu muslimanskog školstva, obrazovanje žena, savremenu interpretaciju šerijatskih propisa, te prosvjećivanje širokih masa na bosanskom jeziku. Kao rezultat tih reformi, uređene evidencije vakufā i njihovih poslovanja stvorile su se materijalne pretpostavke za otvaranje novih obrazovnih institucija (Sarajevska ruždija 1884; Šeriatsko sudačka škola 1887; Muslimanska čitaonica - Kiraethana, Darul-muallimin), štampanje udžbenika i literature na bosanskom jeziku latiničnim pismom (Risale-i ahlak) i izdavanje listova (Vatan).

Na položaju reisu-l-uleme ostao je do 1893. kada je podnio ostavku i otišao u zasluženu penziju. U penziji nije dugo uživao. Umro je u nedjelju 10. februara 1895. godine, a sutradan, 11. februara, uz prisustvo „mnoštva odličnika svake vjere i toliko svijeta koliko se u Sarajevu “ovakvom zgodom još nije vidjelo”, klanjana mu je dženaza pred Begovom džamijom. Ukopan je na mezaristanu na Grlića brdu. Tarih uklesan na uzglavnom nišanu spjevao mu je Muhamed Enveri Kadić.